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病原性腹瀉。是因感染了病原性微生物所致。

仔豬黃、白痢。病原是菌體表面具有固著素的大腸桿菌，可在豬小腸黏膜上定居并產生毒素導致仔豬腹瀉。黃痢指1-7日齡的仔豬發病后排黃色、黃白色稀便，該病發病急、傳播快、病程短，如治療不及時死亡率較高。十日齡后發病仔豬排白色、灰白色稀便的稱仔豬白痢，感染率較高、病程較長，有一定的治療時間所以可以控制死亡率。

預防措施除加強日常的管理和消毒外，孕豬在產前30天、15天各注射一次大腸桿菌基因工程菌苗后，仔豬可通過初乳獲得被動保護。治療應給發病豬口服抗革蘭氏陰性菌藥物，應選用不易被小腸黏膜吸收、可在腸道中維持一定濃度的并可抑制病原菌繁殖的藥物，如粘桿菌素、慶大霉素、新霉素、磺胺脒等，每天1-2次，連用2-3天。

病毒性腹瀉是由傳染性胃腸炎病毒感染引起的腹瀉，病豬拉水樣便，呈噴射狀，只感染哺乳仔豬。輪狀病毒感染癥狀與上述基本相同，但發病癥狀較輕，同場成年豬也有感染。預防方法同上，但疫苗用傳染性胃腸炎與輪狀病毒二聯苗。治療尚無有效方案，只能對癥治療，口服收斂、抑菌、防脫水及防細菌交叉感染藥物。

其他病原性腹瀉：沙門氏菌引起的仔豬副傷寒，魏氏梭菌引起的紅痢，螺旋體引起的血痢在個別豬場偶有發生，這些由病原性微生物引起的腹瀉都有相應的菌苗用于免疫預防注射或口服。發病豬可以用相應藥物治療。

功能性腹瀉。指斷奶后仔豬的腹瀉。

仔豬消化機能不全：斷奶后乳糖來源減少導致腸道乳酸下降使腸內PH上升，有害菌借機生長導致腹瀉。也因斷奶引起一定的應激使消化酶下降引發腹瀉。防治：日糧中加入微生態制劑，飲水中加乳酸、乳清粉等。

日糧抗原過敏：新飼料中的蛋白抗原可激發仔豬消化道免疫反應，引起遲發型過敏反應造成小腸損傷引起腹瀉。防治：適度早開食，逐漸更換新料。

營養因子缺乏：母豬妊娠期營養不良影響胎兒發育，其抗病能力下降引起腹瀉。也因仔豬體溫調節功能不全，圈舍環境差使仔豬免疫力下降促使腸內微生物大量繁殖引起腹瀉。防治：加強母豬孕期營養和仔豬早期管理。